Departament Innowacji odpowiada za zarządzanie w resorcie działalnością naukowobadawczą w obszarze krajowym i międzynarodowym, wypracowywanie celów polityki innowacji w zakresie swojej właściwości oraz obsługę i merytoryczne wsparcie Pełnomocnika Ministra Obrony Narodowej do spraw przestrzeni kosmicznej. Celem Departamentu jest wsparcie rozwoju Sił Zbrojnych poprzez zapewnienie warunków do podnoszenia innowacyjności w prowadzonej działalności naukowobadawczej.

Departament Kadr odpowiada za zarządzanie zasobem kadrowym żołnierzy zawodowych, żołnierzy zawodowych w trakcie kształcenia oraz kandydatów do zawodowej służby wojskowej w okresie pełnienia dobrowolnej zasadniczej służby wojskowej w uczelniach wojskowych, szkołach podoficerskich, centrach szkolenia lub ośrodkach szkolenia, procesem kształtowania dyscypliny wojskowej oraz kształtowanie resortowego systemu uposażeń żołnierzy zawodowych, żołnierzy zawodowych w trakcie kształcenia, kandydatów do zawodowej służby wojskowej w okresie pełnienia dobrowolnej zasadniczej służby wojskowej w uczelniach wojskowych, szkołach podoficerskich, centrach szkolenia lub ośrodkach szkolenia oraz żołnierzy niebędących żołnierzami zawodowymi. Celem Departamentu jest zabezpieczenie potrzeb osobowych resortu w odniesieniu do żołnierzy zawodowych, kandydatów do zawodowej służby wojskowej w okresie pełnienia dobrowolnej zasadniczej służby wojskowej w uczelniach wojskowych, szkołach podoficerskich, centrach szkolenia lub ośrodkach szkolenia, tworzenie warunków do kształtowania dyscypliny wojskowej w resorcie oraz systemu uposażeń żołnierzy.

Departament Komunikacji i Promocji odpowiada za zarządzanie zewnętrznymi procesami komunikacyjnymi oraz aspektem promocyjnym wszystkich działań podejmowanych przez Ministerstwo w środowisku informacyjnym. Rolą departamentu jest efektywne planowanie, realizacja oraz ewaluacja działań z zakresu komunikacji społecznej oraz ich koordynacja w ramach Systemu Komunikacji Strategicznej. Celem działalności Departamentu jest jasne i czytelne komunikowanie odbiorcom krajowym i zagranicznym informacji dot. priorytetów, celów i działań podejmowanych przez Ministerstwo i jego kierownictwo a tym samym kształtowanie pozytywnego wizerunku resortu i Sił Zbrojnych RP.

Departament Kontroli odpowiada za organizowanie systemu kontroli oraz proces planowania i realizacji działalności kontrolnej w jednostkach organizacyjnych, organach i innych podmiotach, w zakresie posiadanych przez Ministra uprawnień kontrolnych wobec tych podmiotów, z wyłączeniem kontroli w zakresie gotowości mobilizacyjnej i bojowej, oraz za prowadzenie kontroli wewnętrznej zgodnie z regulacjami obowiązującymi w Ministerstwie. Celem działania Departamentu jest zapewnienie Ministrowi informacji o działaniu jednostek organizacyjnych, organów i innych podmiotów, wobec których Minister posiada uprawnienia kontrolne, funkcjonowaniu przyjętych w resorcie rozwiązań systemowych oraz zapewnienie Ministrowi i Dyrektorowi Generalnemu informacji na temat funkcjonowania komórek organizacyjnych.

Departament Ochrony Informacji Niejawnych odpowiada za funkcjonowanie resortowego systemu ochrony informacji niejawnych. Celem Departamentu jest stworzenie warunków dla skutecznej i efektywnej ochrony informacji niejawnych w resorcie oraz ochrony danych osobowych w Ministerstwie.

Departament Polityki Bezpieczeństwa Międzynarodowego odpowiada za definiowanie propozycji celów i zadań oraz koordynowanie współpracy międzynarodowej resortu w zakresie polityki bezpieczeństwa międzynarodowego, w aspekcie wielo- i dwustronnym, ze szczególnym uwzględnieniem działań w ramach NATO oraz UE i z wyłączeniem spraw związanych z wdrażaniem prawa UE do polskiego sytemu prawa oraz spraw dotyczących postępowań przed organami sądowymi lub instytucjami UE. Celem Departamentu jest tworzenie warunków do realizacji polityki obronnej i bezpieczeństwa państwa na arenie międzynarodowej.

Departament Polityki Zbrojeniowej odpowiada za organizację i nadzorowanie systemu pozyskiwania sprzętu wojskowego (SpW), realizację przedsięwzięć dotyczących działalności Ministra w zakresie problematyki zbrojeniowej, a także za projektowanie rozwiązań systemowych dotyczących uprawnień żołnierzy zawodowych do zakwaterowania. Celem Departamentu jest wsparcie modernizacji technicznej Sił Zbrojnych w szczególności poprzez wykorzystanie możliwości krajowego i zagranicznego przemysłu obronnego, a także zapewnienie warunków do realizacji uprawnień żołnierzy zawodowych do zakwaterowania.

Departament Prawny odpowiada za organizację systemu resortowej obsługi prawnej. Celem Departamentu jest zapewnienie prawnej ochrony interesów Ministra.

Departament Spraw Socjalnych odpowiada za funkcjonowanie systemu zabezpieczenia socjalnego, wojskowego systemu emerytalnego i pomocy rekonwersyjnej oraz kształtowanie systemu zatrudnieniowo-płacowego pracowników. Celem Departamentu jest zabezpieczenie potrzeb resortu w zakresie kształtowania działalności kadrowej wobec pracowników, tworzenie warunków do wypełniania zobowiązań socjalnych względem osób uprawnionych oraz zobowiązań emerytalnych wobec byłych żołnierzy.

Departament Strategii i Planowania Obronnego uczestniczy w planowaniu rozwoju systemu bezpieczeństwa narodowego oraz odpowiada za definiowanie celów systemu obronnego, programowanie pozamilitarnych przygotowań obronnych, organizowanie procesu planowania operacyjnego w organach administracji publicznej na okres zewnętrznego zagrożenia bezpieczeństwa państwa i czas wojny oraz planowanie i rozliczanie działalności w zakresie planu działalności Ministra. Celem Departamentu jest definiowanie kierunków, celów i działań niezbędnych do utrzymania i rozwoju systemu obronnego państwa.