Wydziały Wydział Ocen Oddziaływania Na Środowisko (WOOŚ) Wydział Ochrony Przyrody i Obszarów Natura 2000 (WOPN) Wydział Zapobiegania i Naprawy Szkód w Środowisku oraz Informacji o Środowisku i Zarządzania Środowiskiem (WSI) Wydział Spraw Terenowych I w Elblągu (WSTE) Wydział Spraw Terenowych II w Ełku (WSTŁ) Wydział Organizacyjno-Administracyjny (WOA) Zespół Budżetu i Finansów
